Согласно Законот за научноистражувачка работа, во 1995 година Институтот повторно го стекнува правото да се регистрира како научна институција, под името Јавна научна установа „Институт за сточарство“ – Скопје. Исполнувајќи ги условите од регистарот како научноистражувачка организација, обезбедувајќи доволен број доктори на науки, според член 357 од Законот за облигациони односи и во врска со член 16 став 1 од Законот за научноистражувачка дејност („Службен весник на РМ“ бр. 16/85), Собранието на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје, донесе Одлука до МОН, со која го информира државниот орган на 27.7.1995 година да донесе Одлуката за организирање на Институтот за сточарство како научноистражувачка организација, во рамките на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ – Скопје.
Решението на надлежното министерство за образование и наука беше донесено согласно со одредбите на Законот за научноистражувачка дејност, Министерството за наука на Република Македонија и врз основа на член 63, став 2 од Законот за научноистражувачка дејност („Службен весник на РМ“ бр. 13/96), врз основа на кое, донесе Решение дека Институтот за сточарство ги исполнил условите за стекнување својство на јавна научна установа. Со донесувањето на ова Решение, потпишано од страна на тогашниот министер за наука, Институтот за сточарство се запиша во Регистарот на научни установи под водство на Министерството за наука, како јавна научна установа под регистарски број 12.